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Introducción al contenido de la sesión 'Interoperabilidad Semántica. Aplicacion en biomedicina' del Curso de verano sobre la Web Semántica que tiene lugar en julio 2010. Esta parte del curso, impartida por María Jesús Taboada Iglesias, se centra en "revisar las propuestas más actuales de la web semántica y las ontologías en el campo de la biomedicina."

Obtenido de la web de la UNED en este enlace.

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Geteilt am 27.5.2010 von Susana López Sola · Equipo GNOSS

2020 visions: "For the first issue of the new decade, Nature asked a selection of leading researchers and policy-makers where their fields will be ten years from now. We invited them to identify the key questions their disciplines face, the major roadblocks and the pressing next steps"

El siguiente artículo de Laura Tardón titulado El pensamiento humano podría iniciar las búsquedas en internet publicado por Elmundo.es resume el contenido de 2020 Visions :
"Recién estrenado el año 2010, nacen nuevos proyectos, propósitos e ilusiones; también en el campo de la ciencia. En el último número de la revista Nature, un grupo de destacados investigadores reflexiona sobre los retos a los que la ciencia se enfrenta durante la próxima década.

Algunas de sus previsiones giran en torno a las nuevas posibilidades que los buscadores de internet podrían ofrecer. Según los expertos, la mayoría serán hablados, no escritos, y una minoría experimental lo hará a través del pensamiento, con la ayuda de un monitor que detecta las señales cerebrales. Todo un reto que 'deberá ir acompañado de medidas que garanticen la calidad de la información'.
Palabras como microbioma humano, metabolómica o biología sintética resultarán más familiares y estaremos más cerca de lograr el desarrollo de la medicina personalizada. Según David Relman, especialista de Enfermedades Infecciosas en Palo Alto (California, Estados Unidos), el cuerpo humano está plagado de microorganismos (microbios) que forman el microbioma humano, del que poco se sabe aún. La investigación en este campo es fundamental, ya que la interacción entre estos microbios y el organismo podría ser clave en el desarrollo de ciertas enfermedades.
Una nueva y prometedora especialidad científica es la metabolómica. De la misma forma que los médicos se sirven del análisis de ciertos metabolitos de la sangre o de la orina (moléculas de bajo peso) para detectar algunas patologías, los científicos saben que el estudio del conjunto de estas moléculas presentes en un sistema facilitaría información relevante sobre la salud de cualquier individuo. Ayudaría a diagnosticar y tratar daños cardiovasculares y neurológicos.
En cuanto a la biología sintética, 'ya está teniendo impacto más allá de la ciencia y en 2020 su influencia se habrá incrementado significativamente', afirma George Church, profesor de Genética de la Facultad de Medicina de Harvard (Estados Unidos). Combina ciencia e ingeniería con el objetivo de producir células en el laboratorio y de diseñar, por ejemplo, bacterias para curar enfermedades.
Los científicos coinciden en que conocer con más profundidad el cuerpo humano y el perfil genético (a través de biochips) es fundamental para identificar qué predisposición tiene cada persona a desarrollar enfermedades. Con esta información, podrían cambiarse algunos hábitos de vida e, incluso, posibilitaría formular un tratamiento basado en las condiciones individuales de cada paciente. Así, se pasaría de la medicina estándar a la personalizada, el gran reto de las ciencias de la salud"
 
Contribuciones: "Peter Norvig on search, David A. Relman on the microbiome, David B. Goldstein on personalized medicine, Daniel M. Kammen on energy, Daniel R. Weinberger on mental health, Leslie C. Aiello on hominin palaeontology, George Church on synthetic biology, John L. Hennessey on universities, Jeffrey Sachs on global governance, Adam Burrows on astronomy, Gary P. Pisano on drug discovery, Joshua R. Goldstein on demographics, Paul Anastas on chemistry, Richard Klausner and David Baltimore on the National Institutes of Health, David R. Montgomery on soil, Thomas M. Baer and Nicholas P. Bigelow on lasers, Robert D. Holt on ecology, Jeremy K. Nicholson on metabolomics"

 

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Geteilt am 8.1.2010 von Equipo GNOSS

 

Article by Eunkyung Chung and William E. Moen. In Proceedings of the 70th ASIS&T Annual Meeting, Joining Research and Practice: Social Computing and Information Science (2007). Preprint version from the publications section of Dr. Moen's webpage.
The purpose of this preliminary study described here is to suggest one approach for addressing some aspects of semantic interoperability and to use this approach to examine four implementations in different communities and applications using Greenstone, Fedora, DSpace, and EPrints. Specifically, four selected implementations were examined with respect to two fundamental dimensions of semantic interoperability: data attribute (i.e., names of fields or elements in the metadata records) and data value (i.e., the actual content of the fields or elements). This study intends to show how this methodological approach can identify potential challenges to semantic interoperability and subsequent studies using this method can yield results and findings that may lead to common guidelines, suggestions, and solutions for the digital library community in terms of semantic interoperability.

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El entorno de información online que comprende bibliotecas digitales, colecciones digitales y repositorios digitales aumenta las expectativas de la gente para acceder a la información. En concreto, los usuarios anticipan una mayor capacidad de búsqueda a través de estos recursos de información en red y los registros de metadatos asociados a dichos recursos. También existen oportunidades para mejorar el intercambio de información o la integración en y entre las comunidades y las aplicaciones.
Para mejorar la capacidad de intercambio de información o la integración, y para mejorar la búsqueda a través de estos recursos, es esencial mejorar la interoperabilidad de los sistemas y datos. Esto implica abordar la interoperabilidad no sólo en el nivel sintáctico y funcional, sino también en el semántico.
Aunque ha habido esfuerzos en la mejora de la interoperabilidad, muchos de ellos que se centran en el protocolo y otros aspectos de la interoperabilidad. En este punto, es importante examinar el estado actual de la interoperabilidad semántica en términos de las bibliotecas digitales, colecciones, y repositorios.
El propósito de este estudio preliminar es sugerir un enfoque para abordar algunos los aspectos de la interoperabilidad semántica y utilizar este enfoque para examinar cuatro implementaciones en diferentes comunidades y aplicaciones por medio de Greenstone, Fedora, DSpace, y EPrints. En concreto, se examinaron cuatro implementaciones con respecto a dos dimensiones fundamentales de la interoperabilidad semántica: datos de atributo (es decir, los nombres de los campos o elementos en los registros de metadatos) y datos de valor (es decir, el contenido real de los campos o elementos). Este estudio pretende mostrar cómo este enfoque metodológico puede identificar los desafíos potenciales para la interoperabilidad semántica y posteriores estudios que utilizan este método puede dar lugar a resultados y conclusiones que pueden conducir a directrices generales, sugerencias y soluciones para la comunidad de bibliotecas digitales en términos de interoperabilidad semántica.

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Veröffentlicht am 21.10.2009 von Susana López Sola · Equipo GNOSS

Artículo del año 2005 de Pokraev, S.V., Reichert, M.U., Steen, M.W.A. y  Wieringa, R.J., en 'Proceedings of the Open Interop Workshop on Enterprise Modelling and Ontologies for Interoperability' (EMOI - INTEROP'05, Procesos del Taller de Interoperabilidad Abierta sobre modelado y ontologías de empresa para interoperabilidad), 13 - 14 Jun 2005, Porto, Portugal.

Este documento presenta algunos conceptos básicos que se usan para explicar qué significa 'interoperabilidad semántica', conceptos tales como: sistema, propiedades de un sistema internas y externas, servicios o mensajes. Los autores proponen un modelo para la comprensión de la interoperabilidad semántica y pragmática y aplican este modelo para discutir problemas que se encuentran en interoperabilidad semántica. Asimismo, presentan esos diferentes tipos de problemas  clasificándolos en dos grupos: confictos de nivel-valor ('value-level conflicts', que se dan cuando el emisor del mensaje y el receptor usan una representación distinta del mismo valor) y conflictos de nivel-tipo ('type-level conflicts', en los que se emplean diferentes tipos de entidades para interpretar el mismo valor).

Fuente: University of Twente, en http://purl.org/utwente/66334
URL oficial: http://sunsite.informatik.rwth-aachen.de/Publications/CEUR-WS/Vol-160/paper21.pdf

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Abstract: "In this paper we present a conceptual model for understanding of semantic and pragmatic interoperability. We use the model to identify and classify the possible semantic interoperability problems."

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Veröffentlicht am 21.10.2009 von Susana López Sola · Equipo GNOSS

Informe de enero de 2009 preparado por el proyecto SemanticHEALTH, una acción de apoyo específica financiada por la Comunidad Europea de Unión 6 de I + D Programa Marco (6PM). Los autores del documento son: Veli N. Stroetmann (Ed.), Dipak Kalra, Pierre Lewalle, Alan Rector, Jean M. Rodrigues, Karl A. Stroetmann, Gyorgy Surjan, Bedirhan Ustun, Martti Virtanen, Pieter E. Zanstra.

SemanticHEALTH ha desarrollado una investigación a largo plazo y una hoja de ruta de despliegue de la interoperabilidad semántica en el ámbito de la salud. Su visión es la de identificar los pasos clave hacia la consecución de la interoperabilidad semántica en todo el sistema de valor de salud, con énfasis en las necesidades de atención al paciente, de la investigación biomédica
y clínica, así como de la salud pública a través de la reutilización de los datos primarios de salud.

El informe contiene, en primer lugar, un breve resumen de la definición de la interoperabilidad semántica (explica los conceptos de interoperabilidad técnica, sintáctica, semántica parcial y semántica total)  y del marco analítico de la proyecto. En segundo lugar, se presenta la visión de la interoperabilidad semántica que guía todo el trabajo de recomendaciones posteriores. En tercer lugar, se resumen algunos casos de uso de negocio claves para la interoperabilidad semántica. A continuación, sigue una contextualización del fenómeno global en los contextos sociopolítico, jurídico y económico. El capítulo final presenta las recomendaciones que se derivan de los capítulos anteriores, y concluye con una visión de la los desarrollos futuros.

Sobre la base de los fundamentos establecidos por la investigación reciente, Europa tiene una oportunidad única para hacer avances más rápido en este ámbito, porque muchos de sus sistemas de salud las partes interesadas son muy conscientes de los desafíos culturales y lingüísticos que el nuevo modelo de asistencia sanitaria en colaboración implica, pero también de las oportunidades que surgen procedentes de atender las crecientes necesidades  para la sostenibilidad de nuestros sistemas de salud. La mayoría de los Estados miembros están invirtiendo actualmente en estrategias de e-salud  e infraestructuras, y puede esperarse que la Comisión Europea  proporcione ayuda continuada y mecanismos de coordinación para apoyarlos.

Los socios del proyecto SemanticHEALTH fueron:

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Research and deployment roadmap for Europe: SemanticHEALTH Report, January 2009, by Veli N. Stroetmann (Ed.), Dipak Kalra, Pierre Lewalle, Alan Rector, Jean M. Rodrigues, Karl A. Stroetmann, Gyorgy Surjan, Bedirhan Ustun, Martti Virtanen, Pieter E. Zanstra.
European Commission, Information Society and Media.
"This report was prepared by the SemanticHEALTH project, a Specific Support Action funded by the European Union 6th R&D Framework Programme (FP6). SemanticHEALTH developed a longer-term research and deployment roadmap for semantic interoperability. Its vision is to identify key steps towards realising semantic interoperability across the whole health value system, thereby focusing on the needs of patient care, biomedical and clinical research as well as of public health through the re-use of primary health data."
Index of the document:
  1. Introduction
  2. Defining semantic interoperability
  3. Semantic interoperability the goal, the vision and the challenges
    1. The SIOp goal
    2. Vision for the future
    3. Key trends
    4. Challenges
  4. SemanticHEALTH roadmap and recommendations
    1. Electronic health record systems
    2. Terminologies and ontologies
    3. Public health
    4. Socio-economic issues
  5. Summary and outlook

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Veröffentlicht am 21.10.2009 von Ricardo Alonso Maturana

Artículo de Kim H. Veltman, inicialmente preparado para el Dublin Core Meeting en 2000, pero que finalmente se publicó en The New Review of Information Networking, vol. 7, 2001, pág. 159-183. Fuente: lista de publicaciones y escritos de Kim H. Veltman. La versión del artículo publicada en esta revista está disponible en este enlace (necesaria suscripción).

Kim H. Veltman presenta la interoperabilidad sintáctica y la semántica como retos que hay que superar para hacer realidad la Web Semántica. El artículo comienza con una breve introducción histórica sobre el significado del lenguaje y resume brevemente las contribuciones de la Dublin Core Metadata Initicative (DCMI, fundada en 1995) hasta la fecha del artículo. Veltman, como se ha señalado, destaca que para alcanzar la web semántica se necesitan tanto la interoperabilidad sintáctica como la semántica; sin embargo, una de las hipótesis centrales que sostiene es que la interoperabilidad semántica exige mucho más que un simple acuerdo referido al significado estático de un término: implica direferentes niveles de acuerdo (local, regional, national e internacional), niveles que, a su vez, tienen su propia historia. Por eso, dice Veltman, uno de los mayores retos se encuentra en crear nuevos sistemas de organización del conocimiento capaces de indentificar y contectar esos diferentes niveles.

En definitiva, el artículo defiende que la aproximación basada en sistemas de conceptos no es suficiente y, en comparación, plantea en la sección final cómo una aproximación usando lógica proposicional podría llevar a una nueva aproximación a universales y particulares. Esto plantea una reorganización del conocimiento y apunta a una visión de la web semántica que incorporaría toda la complejidad y la riqueza históricas y culturales del lenguaje.

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Veröffentlicht am 19.10.2009 von Ricardo Alonso Maturana

Artículo de Jeffrey T. Pollock que se publicó en la revista eai Journal en octubre de 2001. En él presenta algunos ejemplos de los conflictos que pueden surgir cuando se necesita intercambiar información entre diferentes sistemas y cómo se intenta abordar la resolución de estos problemas. Distingue para ello dos aproximaciones:

  • Las soluciones de integración de aplicaciones que, de acuerdo con el artículo, estarían más enfocadas a los problemas tecnológicos asociados a la conexión entre dos sistemas.
  • Las soluciones de integración de información, centradas en resolver conflictos de información mediante la creación de marcos de interoperabilidad semántica.

En entornos complejos que necesitan más que la capacidad de traducción básica, la mayoría de las herramientas de integración fallan, afirma Jeffrey Pollock. Es entonces cuando se requieren herramientas de interoperabilidad que ofrezcan un conjunto robusto de técnicas de integración de la información.

Al final del artículo, se presenta un resumen de criterios básicos que se una solución de interoperabilidad completa debería contener, a saber:

  • Servicio de transporte
  • 'Contenedor' del mensaje
  • Interfaz de integración
  • Controlador de proceso
  • Encapsulación de datos
  • Representación de información ontológica
  • Contexto y metadatos
  • Transformación de la información
  • Traducción de la información

El artículo finaliza con un resumen a modo de conclusiones, cuyos puntos principales en su versión original (inglés) se recogen en el siguiente párrafo:

" The distinction between integration and interoperability is really a case study in architecture. The principle that any structural or software architect considers when building a framework is the separation of concerns into layers of responsibility. To keep autonomous systems discrete, the interoperability architect will focus on making the information and systems interoperable while avoiding a monolithic, tightly coupled integration effort. [...] The market is starting to open up to provide this next generation of capabilities. As we focus more on application interoperability, semantic transformation, and ontological mapping, business will benefit."

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Veröffentlicht am 19.10.2009 von Ricardo Alonso Maturana